主要学术业绩及近年发表论文目录：

围绕野生及家养动物、人类等基因资源挖掘的主要研究方向，注意遗传、发育与进化的交叉，张亚平在动物分子系统学、家养动物的起源与遗传多样性研究、亚洲人群的遗传多样性与进化、动物适应进化的遗传基础等方面取得了一系列既有特色又有重大国际影响的研究成果，得到了国际学术界的认可与赞赏。近五年来其研究成果相继在国际著名刊物上发表SCI论文120余篇，其中影响因子大于9的国际著名刊物《Nature》(2)、 《Science》(3) 、《PNAS》(2)、《Mol Biol Evol》（8）、《Genome Research》、《American Journal of Human Genetics》、《American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine》发表论文18篇，其多项成果被Nature、Science等专题报道，并入选当年的“Faculty of 1000”或Nature China研究亮点，产生了较大的国际影响。

其代表性成果“线粒体基因组多样性与东亚人群历史的研究”获得2006年度国家自然科学奖二等奖，研究成果“真兽类若干类群的分子系统学研究”作为2010年度云南省自然科学奖一等奖正在公示，张亚平本人也因在特色生物遗传资源的保护与可持续利用方面的成就获2005年度云南省自然科学突出贡献奖、2006年度长江学者成就奖一等奖和2009年度的第二届谈家桢生命科学成就奖。